El PEIN fue aprobado por decreto en el año 1992, si bien desde aquél momento su ámbito se ha ampliado considerablemente y las normas han sido modificadas puntualmente con decretos sucesivos. Jurídicamente, el PEIN tiene sus orígenes en la determinación legal que establece la Ley 12/1985, de 13 de junio, de espacios naturales. Dicha ley ha sido modificada posteriormente por la Ley 12/2006, de 27 de julio, de medidas en materia de medio ambiente.

Por otra parte, el PEIN es un plan territorial sectorial y se equipara a otros instrumentos de este tipo que se derivan de la Ley 23/1983, de 21 de noviembre, de política territorial. En el contexto de la planificación territorial, el PEIN se convierte en uno de los instrumentos de despliegue del Plan territorial general de Cataluña (aprobado por el Parlamento de Cataluña en el año 1995). De esta forma, sus determinaciones tienen carácter vinculante para todos los demás instrumentos de planificación física del territorio.

Las normas del PEIN establecen un régimen de protección básico en la totalidad de su ámbito. Dicho régimen de protección general puede completarse en cada espacio o conjunto de espacios mediante dos vías:

1) La formulación de planes especiales de protección del medio natural y el paisaje, que proporcionan a los espacios una ordenación de usos y normas de protección específicas.

2) La declaración de espacios de protección especial (parques nacionales, parajes naturales de interés nacional, reservas o parques naturales), lo que conlleva que los espacios pasen a tener una regulación jurídica propia y una gestión individualizada para preservar y potenciar sus valores.

Hay que hacer una mención especial a la relación existente entre el PEIN y Natura 2000, ya que, de acuerdo con la Ley 12/2006, de medidas en materia de medio ambiente, la declaración de una zona de especial conservación (ZEC) o de una zona  de especial conservación para las aves (ZEPA) implica su inclusión automática en el PEIN. La aprobación de la propuesta catalana de Natura 2000 por parte del Gobierno de Cataluña (Acuerdo de 5 de septiembre de 2006) ha comportado una ampliación sustancial del PEIN. En efecto, cuando fue aprobado en el año 1992, el PEIN incluía un 21 por ciento del territorio catalán; actualmente, después de las ampliaciones puntuales de los últimos años y una vez incorporados los espacios de Natura 2000, el ámbito terrestre del PEIN se aproxima al 30 por ciento del territorio y los espacios marinos suman casi 80.000 hectáreas.